অর্থোপেডিক সার্জিক্যাল অনকোলজি বিভাগ হাড় ও নরম টিস্যুর সারকোমা রোগের ব্যবস্থাপনায় গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। এই বিভাগটি ইনডোর ও আউটডোর—উভয় ধরনের সেবা প্রদান করে থাকে। বাংলাদেশের প্রথম লিম্ব স্যালভেজ সার্জারি (Limb Salvage Surgery) এই বিভাগেই সম্পন্ন হয়, যেখানে হাড়ের সারকোমা রোগীর ক্ষেত্রে এন্ডোপ্রোস্থেসিস রিকনস্ট্রাকশন (Endoprosthesis Reconstruction) করা হয়।

এই বিভাগে হাড়ের সারকোমা রোগ নির্ণয়ের জন্য ওপেন বায়োপসি বা ক্লোজড কোর বায়োপসির মাধ্যমে টিস্যু ডায়াগনোসিসও করা হয়। তাছাড়া, হাড়ের প্যাথলজিক্যাল ফ্র্যাকচার হলে তার ফিক্সেশন (Fixation) বা স্থায়ী মেরামতও এই বিভাগে সম্পন্ন করা হয়।

ইনডোর সেবার আওতায় অভিজ্ঞ বিদেশ-প্রশিক্ষণপ্রাপ্ত অর্থোপেডিক অনকো-সার্জনরা বড় ধরনের অর্থোপেডিক সার্জারি সম্পন্ন করেন।